В готовом решении "Некстайп: Мобильный магазин" есть возможность редактировать сквозные баннеры. Механизм показа баннеров в разделах реализован в свойствах баннера.
Чтобы добавить, изменить или удалить баннер, необходимо перейти в административную часть.

Далее "Контент" -> "Сквозные рекламные баннеры".

В свойствах баннера можно указать в каких разделах баннер должен показываться, а также указать из каких разделов исключить показ.
Также есть возможность указать его расположение и регион, указать ссылку с баннера.

После всех внесенных изменений, не забудьте применить и сохранить настройки