По умолчанию в готовом решении "Некстайп: Магнит" все категории отображаются в блоке "популярных категорий" на главной странице.
Для того, чтобы настроить отображение определенных категорий в блоке "популярных" на главной странице, необходимо перейти в административную часть сайта
Далее "Контент" -> "Каталог товаров" -> *любая добавленная категория -> "Изменить"
Далее переходим на вкладку "Доп.поля" и редактируем (ставим галочку или оставляем свойство пустым) "Не отображать на главной странице".
После внесения нужных изменений, не забудьте применить и сохранить настройки.